郑芝龙叹了口气道：“你们也清楚，十八芝名义上以我为主，但平时他们各干各的，我也管不了他们。后面我会通告他们的，愿意效忠朝廷的我也会为他们求得一官半职。但我怕他们有什么别的心思，所以我们几人先做好准备，以防万一。”

天启九年二月一日，皇帝正式颁布圣旨：

册封郑芝龙为从三品南安伯，设立“南海水师指挥使司”，任命郑芝龙为南海水师指挥使，郑芝虎为南海水师指挥同知，郑芝凤为南海水师指挥佥事，郑芝豹、郑芝莞、施大瑄、洪旭、甘辉为游击；

开放福建沿海多个海港，设立福建海关，征收海商赋税，允许百姓凭证出海通商；

并命郑芝龙“剪除夷寇、剿平诸盗”，整顿海商，招抚或剿灭海盗。

随即，郑芝龙给十八芝其余人分别去信告知投效朝廷一事。不久之后，十八芝就分裂开来，主要是以郑芝龙为首的“一官派”和以刘香为首的“刘香派”。

特别是在台湾岛上屯垦的各部。杨天生和陈衷纪都是愿意追随郑芝龙，同在岛上的何斌和郭怀一既不愿意投效朝廷，也不愿意跟着刘香，就选择投靠到荷兰人那边求得安身。

前首领李旦之子李国助不愿看到兄弟相残，凭着父亲的余威和声望，也聚集了一批愿意追随他的人，便带着人驾船离去，到琉球、日本一带寻生计去了。

刘香极为痛恨官府，拒绝投降朝廷，带着杨六、杨七、钟斌、李魁奇直接与郑芝龙决裂。

南居仁、南居益、南居业于天启九年正月全部上任后。南居业在南京工部调集资源，南居仁统筹浙江地区的人力物力，开始集中力量于舟山岛建设水寨、港口、造船厂，南居益负责组建“东海水师”。

早在天启四年九月，南居益时任福建巡抚，就已经整顿福建水师打败荷兰人，收复了澎湖。当时的福建水师也是颇为精锐，但自从南居益升迁工部侍郎，就又开始逐渐懈怠糜烂。再到天启七年，时任福建副总兵的俞咨皋在漳州府诏安县铜山被郑芝龙击败，所部全军覆没，福建水师精锐也损失殆尽。

南居益无奈，只能调集浙江水师、福建水师、南直隶水师进行整顿改编。把报废船只拆除，利用木料修补尚好的船只；成立造船厂、建设大型船坞，建造修补战船；效仿当年戚少保招募浙江沿海居民训练为水手。

三人之中，最头疼的就是南居仁，他是负责后勤调度，人力、资源都好说，大明什么都缺，就是不缺人、不缺工匠人才，南方也不缺造船要用的木料。目前最主要的就是缺钱！