平定叛乱后，隋文帝针对国家凋敝的状况进行了一系列改革。

政治上，改革吏治，建立三省六部制以加强君主专制中央集权，改革均田制和赋役制以减轻农民负担；

经济上，进行大索貌阅，实行输籍法以扫除隐瞒户籍的积弊，统一货币和度量衡以方便百姓生活，尽山泽之利，免入市之税以鼓励工商业发展；

军事上，改革府兵制，实现兵民合一；文化上，开创科举，改革律法。

在这些改革措施下，隋朝政令实施效率提高，避免了官员专权，农业、工商业发展，经济快速恢复。

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兵民合一节省了军费开支，加强了中央对军队的控制，隋朝在开皇三年（公元583年）匈奴南侵和开皇九年（公元589年）灭陈之战中取得胜利，出现了短期繁荣，史称“开皇之治”。

开皇年间，全国垦田面积大幅增长，人口也飞速增加。

隋文帝晚年一改勤勉谨慎，猜忌功臣，刑罚严酷。

开皇九年，他因诬告处死功臣元谐。

开皇十年，因多次谏诤一事，他将内史令李德林贬为州刺史，之后又以“谋反”罪名处死禁军将领虞庆则、凉州总管王世积等官吏将领。

开皇十九年，因易立太子之事，他罢免贤相高颎，任用杨素为宰相。

开皇二十年，经杨广和杨素密谋，加上独孤皇后之言，皇太子杨勇被废黜，杨勇及其子被贬为庶人，晋王杨广被立为皇太子。

废立太子之事牵连大批官吏，加剧了统治集团内部矛盾。

隋文帝病危时后悔改立太子，认为杨广品性不足以托付国之大事，独孤皇后的立嗣建议误事误国。

仁寿二年（公元602年），文献皇后独孤氏崩于永安宫，享年五十岁，葬于泰陵。之后，宣华夫人陈氏、容华夫人蔡氏得到隋文帝的宠幸。

仁寿四年，隋文帝于仁寿宫病危，与百官辞别，不久后于仁寿宫大宝殿去世，享年六十四岁，庙号高祖，谥号文皇帝。

其灵柩从仁寿宫出，在大兴前殿举行殡礼，后葬入泰陵，与文献皇后独孤氏同坟而异穴，允许官员或百姓进入陵中观看。