一门三人，争相赴死，这份气节与情义，让官府的官员深受触动，却也更加为难——他们实在不知道该判谁有罪。无奈之下，只好把这件事上报给了朝廷，让朝廷来定夺。
最终，朝廷下诏，判定由孔褒承担罪责，论死处斩。而孔融，也因为这份“舍身救友”的义举，名声大噪，被朝廷的公卿大臣们纷纷举荐。后来，他先在司徒杨赐的府中任职，又进入大将军何进的幕府，年纪轻轻，便在官场里崭露头角。
可孔融的性子，注定了他在官场里走得不太平。不久后，董卓率军入朝，把持了朝政，独断专行，朝中大臣大多敢怒不敢言。孔融却偏不，他每次在朝堂上发表意见，都直言不讳，常常与董卓的想法相悖，气得董卓脸色铁青，却又碍于他的名声，不敢轻易动他。
恰逢此时，黄巾军在山东北海一带再次起义，声势浩大，朝廷多次派兵镇压，都没能平定。董卓见状，心里暗暗盘算：不如把孔融派去北海当太守，让他去对付黄巾军，若是他能平定叛乱，那是朝廷的福气；若是他败了，正好借黄巾军的手除掉他，一举两得。
就这样，三十几岁的孔融，被任命为北海相，离开了繁华的都城洛阳，前往北海赴任。
初到北海，孔融便展现出了他的抱负。他十分推崇儒学，在当地修建学校，招收弟子，亲自讲授儒家经典；他还四处寻访贤才，只要是有才能的人，无论出身贵贱，他都一一举荐，委以重任。在他的治理下，北海一带的学风渐渐兴盛起来，百姓们的生活也渐渐安定了一些。
可孔融毕竟是个文人，熟读诗书却不擅长带兵打仗。没过多久，黄巾军就再次大举进攻北海，孔融率领士兵屯兵都昌，被黄巾军团团围住，形势十分危急。城里的粮食越来越少，士兵们也伤亡惨重，眼看城池就要被攻破，孔融却急得团团转，一点儿办法也没有。
就在这时，一位名叫太史慈的义士站了出来。太史慈武艺高强，胆识过人，他自告奋勇，愿意突围出去，前往平原郡，向时任平原相的刘备求救。
那天夜里，夜色浓重，寒风呼啸。太史慈趁着黄巾军防守松懈，骑着一匹快马，手持长枪，冲破了黄巾军的包围圈，一路疾驰，奔向平原郡。等到他赶到平原郡时，早已是人困马乏，浑身是伤。
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刘备听说太史慈是来替孔融求救的，不禁大惊失色，眼睛瞪得溜圆，手里的锄头都掉在了地上——要知道，当时的刘备还只是个小小的平原相，名声远不如孔融响亮，他从未想过，像孔融这样大名鼎鼎的人物，竟然会知道自己的名字，还会向自己求救。
震惊之余，刘备更多的是感动。他当即点齐三千士兵，亲自率领着，跟着太史慈赶往北海，救援孔融。最终，在刘备的帮助下，黄巾军被击退，都昌之围得以解除。
经此一役，孔融的名望更高了，可他“好虚名而不务实际”的性子，也渐渐暴露了出来。
后来，长安城里传来消息，董卓被王允和吕布联手诛杀了，汉献帝却陷入了流亡之中，朝政一片混乱。此时的天下，群雄并起，袁绍和曹操凭借着强大的势力，成为了最有威望的两大诸侯，许多官员和名士，都纷纷选择投靠他们，以求自保和发展。
有人劝孔融：“如今天下大乱，袁绍和曹操势力最强，你不如选择投靠其中一方，也好有个依靠，不然独自坚守，迟早会出事的。”
可孔融却摇了摇头，眼神里满是不屑：“袁绍和曹操，都是心怀不轨之人，他们表面上拥护汉室，暗地里却都想着篡夺皇位，我怎么能和这样的人同流合污？”
从那以后，孔融便一直坚守着自己的立场，不投靠任何一方，独来独往，像一只孤傲的雄鹰，在乱世的天空中独自飞翔。他自幼就喜欢名声，这种“不攀附、不妥协”的立场，让他赢得了更多人的敬重，他也乐得享受这份虚名，安之若素。
后来，孔融被任命为青州刺史，镇守青州。可没过多久，袁绍的儿子袁谭就率领大军，攻打青州。袁谭的军队士气高昂，攻势猛烈，从春天一直打到夏天，整整攻了三个月，青州城的守军越来越少，最后只剩下几百人了。
城外，袁谭的士兵们高声呐喊，箭矢像密雨般钉在城墙上，木屑飞溅，守城士兵的惨叫声此起彼伏，鲜血染红了城墙。可孔融却依旧端坐在府中的案前，一手执卷，一手轻叩桌面，仿佛城外的厮杀与他无关。他时而眉头紧锁，时而嘴角含笑，沉浸在书本的世界里，谈笑自若。
可现实终究是残酷的。那天夜里，青州城还是被袁谭攻破了。袁谭的士兵们蜂拥而入，烧杀抢掠，整个青州城陷入了一片火海之中。孔融这才从书本的世界里惊醒过来，他匆忙收拾了几件衣物，趁着混乱，独自一人逃出了青州城，而他的妻子和儿女，却没能来得及逃走，全都被袁谭俘虏了。
侥幸逃生的孔融，一路辗转，最终来到了许昌。此时的许昌，早已成为了曹操的天下——曹操把汉献帝迎到了许昌，建立了新的朝廷，自己担任司空，把持了朝政，汉献帝不过是个有名无实的傀儡皇帝。
孔融作为名士，被曹操征召入朝，先后担任了将作大匠（相当于朝廷的建筑总监）和少府（掌管山海渔泽之利及宫廷织造供应的官员）。按理说，寄人篱下，应当收敛锋芒，可孔融却偏不，他依旧我行我素，像个“政治顽童”一样，时时在朝堂上发表议论，句句都离不开“尊君主、正仪礼、别忠奸”，全然不顾曹操的感受。
曹操本就多疑，孔融的这些言论，像一根刺，深深扎在他的心里，让他越来越难以容忍。
建安九年，曹操率领大军攻破邺城，灭亡了袁绍。他的儿子曹丕，见袁绍的儿子袁熙的妻子甄氏容貌绝美，便心动了，不顾礼教束缚，私自把甄氏纳为了妾室。
这件事传到了孔融的耳朵里，他心里十分不满，便特意写了一封信给曹操，信里写道：“武王伐纣，以妲己赐周公。”
曹操看了信，十分疑惑——他熟读史书，却从未见过这样的记载。于是，他便召见孔融，询问这句话出自哪部经典。
孔融却端着一杯酒，慢悠悠地说道：“我没有看过这样的经典，只是觉得，以今日曹丕私纳甄氏这件事来推断，当年武王伐纣后，大概也是这样做的吧。”
一句话，把曹操气得浑身发抖。孔融这分明是在讽刺曹操父子，讽刺他们不顾礼教，荒淫无道！可曹操还是忍住了，他知道，孔融名声太大，若是贸然杀了他，定会引起天下人的不满，只好暂时忍了下来。
可孔融却丝毫没有察觉曹操的不满，依旧我行我素。曹操因为粮食短缺，又担心士兵们饮酒误事，便下令在全国范围内禁酒。可孔融偏偏是个好酒之人，他不仅不遵守禁令，还经常在家中摆宴，邀请四方文士前来饮酒作乐。
他的府中，常常摆着几个大酒坛，宾客们围坐在一起，猜拳行令，吟诗作对，酒香飘出半条街，热闹非凡。孔融端着酒盏，高声说道：“坐上客常满，樽中酒不空，吾无忧矣！”
为了反对曹操的禁酒令，孔融还特意写了几封信给曹操，言辞之间，满是嘲讽和侮慢。他在信里说：“酒是圣贤之物，自古以来，圣人饮酒，贤人也饮酒，若是禁酒，岂不是要断绝圣贤之路？”他还列举了许多因为饮酒而成就大事的例子，一一反驳曹操的禁酒理由，把曹操气得咬牙切齿，却又无可奈何。