这则流言如同长了翅膀一般，很快便传遍了整个建康城，甚至传到了周边的州县。人们对此议论纷纷，有人信以为真，大骂皇帝昏庸无能；有人半信半疑，觉得此事太过荒唐；还有人隐约察觉到，这背后怕是有桓温的影子，却敢怒不敢言。毕竟，桓温手握重兵，权势滔天，若是谁敢质疑他，怕是转眼就会招来杀身之祸。
流言发酵得差不多了，桓温觉得时机成熟，便率领大军回到了都城建康。他一回到建康，便直接前往后宫，拜见褚太后，向她提出了废立皇帝的请求，要求废黜司马奕，改立会稽王司马昱为新皇帝。为了让褚太后同意，桓温还特意让人写好了奏章，亲自呈给了褚太后。
彼时褚太后正在佛堂里烧香拜佛，听闻桓温有急奏，便连忙停下了手中的动作，跟着内侍匆匆走出了佛堂。她倚在佛堂的门框上，接过桓温送来的奏章，借着佛堂里的烛光，一字一句地看了起来。才看了几行，褚太后便皱起了眉头，嘴里喃喃自语：“我早就觉得此事有些蹊跷，没想到竟是真的……”可当她看到后面，得知桓温要废黜皇帝，另立新君时，脸色瞬间变得惨白，手里的奏章险些掉落在地。她看着奏章上密密麻麻的字迹，只觉得一阵头晕目眩，再也看不下去了。
褚太后心里清楚，桓温此举，名义上是为了东晋的江山社稷，实际上是想借着废立之事，独揽大权。可她一个妇道人家，无权无势，根本无力反抗桓温的逼迫。无奈之下，褚太后只好咬了咬牙，同意了桓温的请求。
得到褚太后的同意后，桓温立刻召集了朝中的文武百官，在朝堂之上讨论废立之事。朝堂之上，气氛压抑得让人喘不过气来。桓温坐在首位，面色威严，眼神锐利地扫过台下的百官，仿佛在警告他们，谁敢反对，便是死路一条。百官们看着桓温身边杀气腾腾的亲兵，一个个都吓得噤若寒蝉，谁也不敢多说一个字，只能纷纷点头附和，同意废黜司马奕，立会稽王司马昱为新皇帝。
就这样，司马奕被废为东海王，囚禁在了吴地。会稽王司马昱登基称帝，史称简文帝。废立大典之上，桓温亲自主持仪式，他派出自己的亲兵亲信，严密守卫着皇宫的各个角落，朝堂之上的文武百官，全都唯他马首是瞻，没有人敢有丝毫的反抗。那一刻，桓温站在朝堂之上，看着新皇帝司马昱战战兢兢的样子，心里充满了得意——他离那龙椅，似乎又近了一步。
大典结束后，桓温退到了中堂，准备等候新皇帝的召见。他坐在椅子上，闭上眼睛，嘴里念念有词，祈求佛祖能保佑他接下来的计划一帆风顺。他早已想好了，见到皇帝之后，要好好陈述自己废立之事的本意，让皇帝明白，他之所以这么做，都是为了东晋的江山社稷，让皇帝对他感恩戴德，乖乖地把大权交给他。
没过多久，内侍便传来了皇帝召见的消息。考虑到桓温腿脚不便，简文帝特意特许他乘坐轿子进入皇宫。桓温坐在轿子里，心里志得意满，幻想着自己接下来执掌朝政，甚至取而代之的场景。可当他走进皇宫，见到简文帝时，却瞬间愣住了。
简文帝坐在龙椅上，脸色苍白，双眼通红，眼泪像断了线的珠子一样，不停地往下掉。他看着桓温，眼神里充满了恐惧与委屈，却一句话也说不出来。桓温原本准备好的一番话，在看到简文帝这副模样后，瞬间全都忘得一干二净。他看着简文帝泪流满面的样子，心里竟莫名地升起了一丝惧怕——他从未想过，自己一手扶持起来的皇帝，竟然会如此懦弱，如此可怜。那一刻，他竟有些手足无措，站在原地，张了张嘴，却一个字也说不出来。
这次召见，最终以一种尴尬的方式结束了。桓温走出皇宫，心里闷闷不乐——他原本想借着这次召见，进一步巩固自己的权势，可没想到，竟然会是这样的结果。更让他头疼的是，朝中还有一个人，始终是他前进道路上的障碍，那便是太宰、武陵王司马曦。
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司马曦是东晋的宗室王爷，手握一部分兵权，而且平日里喜欢习武练兵，结交豪杰，在朝中颇有威望。他早就看不惯桓温专权跋扈的样子，常常在朝堂之上与桓温针锋相对，成为了桓温独揽大权的最大障碍。桓温早就想除掉司马曦，可一直找不到合适的借口。
这一次，桓温决定借废立之事的余威，除掉司马曦。他找到了尚书左仆射王彪之，让他出面弹劾司马曦，列举他的罪状，然后将他罢官夺爵。可王彪之是个正直之人，他知道司马曦并无大错，桓温此举不过是想铲除异己，所以坚决不同意。桓温见王彪之不肯出面，便只好亲自上阵，向简文帝上奏，称司马曦聚集亡命之徒，勾结叛逆之人，意图谋反，请求皇帝免去他的官职，将他囚禁起来。
简文帝心里清楚，司马曦是被冤枉的，可他不敢反抗桓温，只能无奈地答应了桓温的请求，免去了司马曦的太宰之职，将他贬为庶人，囚禁在了新安郡。可桓温并不满足，他觉得仅仅是囚禁司马曦，还不足以震慑朝中的反对者。于是，他又逼迫新蔡王司马晃出面指证，称司马曦与其他几位宗室王爷密谋谋反，意图推翻新帝，夺取皇位。
桓温将司马曦等人抓了起来，交给了廷尉审理，还让御史中丞上奏皇帝，请求诛杀司马曦等人，以儆效尤。这一次，简文帝终于鼓起了勇气，坚决不同意桓温的请求。他看着桓温，眼神里带着一丝决绝，语气坚定地说：“若是还想保全晋朝的江山社稷，就请按照之前的决定行事，不要再滥杀无辜了！”
桓温没有想到，一向懦弱的简文帝，竟然会为了司马曦而反抗自己。他看着简文帝坚定的眼神，心里又气又急，却又无可奈何。毕竟，简文帝虽然懦弱，但终究是名义上的皇帝，若是他执意要诛杀司马曦，必然会引起朝野上下的不满，甚至可能引发叛乱。无奈之下，桓温只好做出让步，将司马曦等人改为罢官流放，发配到了偏远的地方。