正式设立“凤阳军指挥使司”,编制“凤阳军”,迁上直军虎贲营师长陈千军为凤阳军指挥使司指挥使,任命吕辟疾为指挥同知、刘肇基为指挥佥事;
改组南直隶、浙江等地原有卫所,扩建“下直军指挥使司”,扩编“下直军”,迁上直军勇卫营师长李授成为下直军指挥使司指挥使;
随后,在军机处的安排下,五军营班师回京,卢象升率天雄军回河南,左良玉整顿湖广卫所官兵,重兵屯驻在湖广郧阳、荆州两府。
大明东南大局趋于稳定,江南财税重新掌握在手,朝廷将目光转回西北。
当初,卢象升率领天雄军在开封、河南两府取得大捷,迅速光复河南,以高迎祥为主的大量义军逃回陕西。不久之后天雄军南下帮助登莱军平叛,孙传庭在山西组建的晋绥军势单力孤,也不敢贸然孤军进入陕西,使得陕西的各支农民起义军获得了非常长的喘息之机。
在朝廷忙于平定江南叛乱、整顿东南的近两年时间中,陕西局势发生了巨大变化。
在延绥镇边军叛乱、张辇和朱童蒙放弃延安府后,陕北彻底变成了起义军的地盘。罗汝才以延安府为根据地发展壮大,逐步控制了整个陕北。
活跃于平凉、庆阳两府的马守应稳扎稳打,一步步发展壮大,逐渐不满足于现状,不时袭扰巩昌府、凤翔府、西安府一带的官军。
现任陕西巡抚杨鹤无力保护关中地带,临洮知府陈崇虞和巩昌知府刘文琦在长期得不到朝廷支援的情况下只能自力更生,便邀请张辇前来领军。
张辇和朱童蒙在环县被罗汝才和马守应两面压迫,手中又只有几千残兵,也是难以支撑,所以在收到邀请后便立即放弃环县,去往临洮府。
陈崇虞和刘文琦多次上书朝廷为张辇请求三边总督和镇守陕西总兵官的职衔,但发往京师的奏疏始终未能得到回复,手中也没有三边总督或陕西总兵的官印,使得张辇的处境比较尴尬。