朱棣得知消息时正在去京师奔丧途中，得知遗诏内容后返回封地。

建文帝朱允炆即位后采纳齐泰、黄子澄的建议削藩，从势力较小的藩王入手，周王、代王、岷王、湘王、齐王先后被削爵，湘王自焚，其余皆废为庶人。

朱棣选择装病示弱，建文帝未趁机除掉他，只是调走其护卫精锐，派谢贵任北平都指挥使、张昺任布政使观察朱棣及其王府动向，后又命宋忠选燕王府护卫，将忠于燕王的胡骑指挥关童等召入京城，调军驻扎北平、彰德、德州，形成对北平的包围之势，还在临清和山海关进行军事演习。

建文元年（1399年）六月，燕山百户倪谅密告朱棣将举兵造反，建文帝下令抓捕朱棣属下官吏及其家属，朱棣谎称病重。

七月五日，朱棣设计诱杀谢贵、张昺，命燕王府护卫趁夜攻夺北平九门，占领北平，以“清君侧”诛“奸臣”齐泰、黄子澄为国“靖难”之名，誓师出征。起兵之初，朱棣连续攻克怀来、密云、遵化、永平等地，集结几万兵力。

朱允炆以耿炳文为大将军率军三十万讨伐，耿炳文军入驻真定，在河间、雄县和莫州完成兵力部署。

朱棣在中秋节半夜围住雄县并于次日黎明攻占，在莫州援军来路设伏活捉潘忠，得知莫州剩余兵力情况后，亲自带先锋部队前往莫州，城内将士归顺。

朱棣占领莫州后回退到白沟河恢复和积蓄实力，后攻打真定，燕军张玉、朱能等正面进攻，朱棣率奇袭部队后方进攻，大败耿炳文军，耿炳文入城不再迎敌。

燕军击退安陆候吴杰的援军，朱棣连攻三日不下真定后撤军回北平。

耿炳文战败的消息传回南京，建文帝以曹国公李景隆代替耿炳文，再次调兵五十万伐燕。

同年九月，朱棣得知辽东军队攻北平屏障永平与李景隆南上的消息，为防被两面夹击，先救援永平，再引导李景隆攻北平后回师夹击，令世子朱高炽留守北平。

朱棣成功守住永平，着手攻占大宁，收买朵颜三卫，挟持宁王朱权。

建文四年（1402年），朱棣挥师南下，历经四年，于六月攻破帝都应天（今南京）。