同年秋，郭天叙、张天佑攻打集庆时，遭元军降将陈野先叛乱，二人战死，原郭子兴的部众自此皆归朱元璋所用。

元至正十六年（龙凤二年，1356年），朱元璋率军攻下集庆，改名应天府（今南京市），设天兴建康翼统军大元帅府，以廖永安为统军元帅，以赵忠为兴国翼守太平。

小明王得捷报后，先升朱元璋为枢密院同佥，不久又任命他为江南等处行中书省平章政事，以郭天叙之弟郭天爵为右丞，以经历李士元改名善长为左右司郎中，以下诸将皆升元帅。

此后，朱元璋分兵夺取应天周边的军事要地，至元至正十七年（龙凤三年，1357年）十月，镇江、广德、长兴、常州、宁国、江阴、常熟、徽州、池州、扬州等重要据点均被朱元璋的队伍攻占，江南行省政权得到巩固。

在应天府周遭安全得到保障后，朱元璋开始向外发展势力。

当时应天府西面的徐寿辉及其部将陈友谅兵强，东面的张士诚则较为富裕，二者实力均在朱元璋之上。

而东南方向的元军只占据一些孤立分散的据点，力量相对弱小。

基于此形势，朱元璋做出巩固东西两线、出击东南的战略决策。

元至正二十年（龙凤六年，1360年），陈友谅率舟师10万，挟徐寿辉东下，绕过池州，进攻太平，夺占采石。

攻占采石后，他弑主自立，改国号为大汉，年号大义，并约张士诚一同进兵应天，试图消灭朱元璋势力。

朱元璋授意陈友谅的老友、元朝降将康茂才诈降，诱其速进兵应天以便设伏歼灭。陈友谅求胜心切，中伏后大败，士卒被杀和落水死者不计其数，被俘2万余人，陈友谅乘小舟逃往江州。

元至正二十一年（龙凤七年，1361年）五月，陈友谅攻下信州，七月夺得安庆。

同年八月，朱元璋亲自统领舟师溯江而上，夺回安庆，接着西进江州。

归附朱元璋的于光等率江西境内水军也前往江州城下与朱元璋会师，江州被攻克，陈友谅败逃至武昌。

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此后，朱元璋命徐达追击陈友谅，并分兵夺取附近诸地。

元至正二十三年（龙凤九年，1363年）二月，北方的小明王和刘福通在安丰告急，朱元璋率大军北上救援，三战三捷。

四月，陈友谅得知朱元璋主力北援安丰，亲率水陆大军倾巢出动，杀向洪都。

七月，朱元璋率领号称二十万的水军驰援洪都，陈友谅闻讯后东出鄱阳湖。

双方舟师在湖面上交战，最终陈友谅中箭身亡，太子善儿和平章姚天祥等被俘。