此后，康熙在平定三藩之乱、收复台湾、驱逐沙俄侵略者等方面取得了卓越成就，他每每谈及这些功劳时，都会想起祖母的抚育和悉心教诲。

索尼在皇太极时期就已崭露头角，因忠诚和睿智受到重用。多尔衮摄政期间，索尼遭到谭泰、巩阿岱等人弹劾，被废黜所有爵位与职务，发配到盛京去看守昭陵。

在多尔衮摄政的七年时间里，索尼至少有五次暗中为皇室谋划的举动。孝庄太后深知索尼的忠诚，也会暗中派人送去慰问和鼓励索尼。

鳌拜在多尔衮摄政前以勇猛善战着称，为清朝立下不少战功。尽管这样也三次遭到多尔衮的打压。两次被判死罪，革职、降爵更是频繁发生。

鳌拜参与重要军事行动有八次其勇气和忠诚。孝庄太后看在眼里。孝庄太后秘密召见鳌拜，给予他精神上的支持和一些战略建议。

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遏必隆出身贵族在多尔衮摄政期间，遏必隆相对较为中立。不明显支持也不公开反对。

遏必隆这种模棱两可的态度，孝庄太后采取恩威并施的策略。给予他一定的地位和荣誉，也对他进行敲打，提醒他不要过分依附多尔衮。

苏克萨哈在多尔衮摄政前作为正白旗骨干之臣，得到多尔衮重用。孝庄太后对苏克萨哈则是既利用又防范。通过苏克萨哈传递一些信息给多尔衮一方，对他的监视和考察多。

孝庄太后对索尼，她既看到其忠诚可靠，也明白联姻等方式能更好地巩固关系，将其视为可依靠的力量，在关键时刻共同为稳定朝局努力。

对苏克萨哈，虽未直接给予过多支持，但也利用其与鳌拜的矛盾，达到一定的平衡目的。

对遏必隆，她理解其软弱性格，以恩威并施的方式引导他为皇室利益考虑，建立一种特殊的合作关系。

而对鳌拜，她始终保持警惕，暗中布局，等待时机成熟一举铲除其势力。

康熙二十六年（1687 年）孝庄太后病重，康熙昼夜守候在旁，还亲自到天坛祷告上苍，祈求以自己的寿命来延长祖母的寿命。

康熙对孝庄极为孝顺，在外他是威严的皇帝，但在祖母面前永远是孝顺乖巧的孙子。孝庄太后病重，亲自为祖母调药饵。孝庄太后崩逝后，康熙帝悲痛万分，水米不进，茶饭无心，痛哭不止，至于昏迷，还在慈宁宫结庐而居，为祖母守孝。

孝庄一生全力辅佐与支持孙儿康熙，将他培养成千古一帝；康熙对于孝庄太后也始终怀着深深的敬爱与感激之情，他们的祖孙情在帝王家显得平凡而又格外打动人心。

同年十二月二十五日，孝庄太后崩逝于紫禁城慈宁宫东南围房，享年七十五岁。

孝庄太后临终前留下遗言，要求不要将她与皇太极合葬，而是在顺治帝的孝陵附近择地安葬，体现了她对儿孙的眷恋之情，也符合她“不忍远去”的心志。使得她在去世后也能与顺治帝在地理位置上较为接近，继续守护着自己的子孙后代。

由于这一要求与清朝的礼制有所不同，且康熙对祖母十分敬重，不愿违背她的遗愿。37年一直停放在暂安奉殿。

孝庄太后去世后，康熙二十七年起至康熙六十一年，这34年里，康熙每年至少有一次前往暂安奉殿探望孝庄。对祖母充满尊敬与眷恋，常去祭拜以寄哀思。

直到雍正三年（1725 年）才葬入昭西陵地宫。距离孝庄去世已37年，雍正才将孝庄太后葬入昭西陵地宫。一种说法是恰逢孝庄太后与皇太极大婚百年纪念，雍正认为暂安奉殿所在地风水极佳，于是将此地的暂安奉殿重新修缮为昭西陵，让孝庄太后得以入土为安。